日俄战争不仅是两个帝国主义国家为了争夺中国东北地区的势力范围而展开的激烈冲突，更是一场充满间谍与智谋的暗战。战争的背后，不仅是兵戎相见，还是信息与策略的较量。尤其是在甲午战争之后，日本便悄然部署了大量的谍报与谋略活动，显示出他们对这场战争的深远准备。
在甲午战争胜利后，日本迫使中国清政府签订了《马关条约》，其中重要的条款之一便是将辽东半岛割让给日本。辽东半岛这块肥沃的土地，长久以来就是日本觊觎的对象。虽然日本成功吞下这块地皮，但由于国际干预，特别是俄国、德国与法国的联手施压，日本未能长时间占有这片土地，被迫将其归还给中国。尽管如此，日本仍通过条约从清政府获取了三千万两白银的赔偿，这在当时被视作莫大的“侮辱”，令日本感到屈辱与愤懑。
明治天皇深知这次损失对日本的打击，尤其是失去的土地，成为了他心头的痛。他曾向亲信顾问佐佐木高行低声说道：“辽东半岛虽已失，但并非永远丧失。未来的某个时刻，或通过朝鲜或其他方式，我们必定会再度拿下它。”虽然他的话语轻松，但其背后的深意不言而喻。佐佐木高行立刻理解了皇帝的意思，答道：“圣上所言，极为明智。无论如何，未来必会再有战事，而我们要做的，是保持警觉与准备。”
因此，日本在失去辽东半岛后，并未就此止步。为了重夺这一领土，他们加紧了军事准备，并开始部署广泛的间谍行动，尤其在西伯利亚、中国东北和内蒙古（当时被日本称为“满蒙”）展开了大量的情报收集与间谍活动。
早在甲午战争之前，日本便开始了对西伯利亚的详细考察。1878年，日本驻俄公使根本武扬便穿越西伯利亚，从彼得堡出发，沿途勘察了多地的军事与政治局势。此后的几年里，日本又派遣了几批外交官与军官，对西伯利亚地区进行进一步的调查。1892年，驻德国的武官福岛安正少佐也独自穿越西伯利亚，从赤塔进入中国东北，收集了大量有价值的情报。
1895年，三国干涉还辽后，日本的军事参谋本部便开始有计划地对俄国的西伯利亚进行间谍渗透，逐步建立起一张庞大的情报网。为了更好地了解俄罗斯的军政形势，一批日本高级军官被派往远东地区，他们途经海参崴、哈巴罗夫斯克、伊尔库茨克等地，深入调查沿途的军事部署与当地情况。
与此同时，日本的民间组织“玄洋社”也积极投入到间谍活动中。社头目内田良平化名“内田甲”，潜入西伯利亚，利用日本侨民的网络，搜集各种情报，进一步为日本的间谍网络提供了支撑。
为了加强对西伯利亚的控制与情报搜集，日本在多个地点建立了秘密的情报据点，其中最著名的便是京都西本愿寺海参崴分院与哈巴罗夫斯克的杂货店。这些看似普通的地方，实际上是日本间谍的指挥中心，隐藏着大量的情报工作。
京都西本愿寺海参崴分院最初并未被日本的情报机关视作关键地点，直到花田仲之助的到来，才使这个地点变得至关重要。花田仲之助，作为日俄战争期间活动在西伯利亚与中国东北地区的关键间谍人物，在此地建立了有效的情报收集网。花田出生于日本鹿儿岛，自幼便接受武士教育，具备了极强的军事天赋。他曾参与西乡隆盛领导的武装叛乱，虽然叛乱失败，但凭借其过人的军事才能，他被军方看中，并开始从事与间谍相关的工作。
花田仲之助在西伯利亚的间谍活动，始于他被日本参谋本部秘密派遣潜入该地区。为了掩人耳目，花田化名为“清水松月”，并以僧人的身份前往海参崴。
西本愿寺的海参城分院是由一群当地的日本侨民捐资建造的，这些捐款者大多数来自日本的低阶职业，如妓馆老板、洗衣匠、理发匠以及油漆工等。由于捐赠资金有限，寺院的建筑显得非常简陋，设施也十分简单。然而，当花田仲之助成为住持之后，这个看似不起眼的地方变成了一个重要的情报集散地。他打着传教布道的旗号，广泛吸引信徒，虽然他在诵经和讲解方面缺乏技巧，口才平淡乏味，但他待人和蔼亲切，渐渐吸引了越来越多的人前来听课。信徒的增加，恰好为情报搜集提供了有利的条件。此外，花田经常巡游各地，参加一些如葬礼等社会活动，这使得他在当地日本人中间的身份几乎无人怀疑，大家都认为他是一名虔诚的和尚。
1899年8月，参谋本部的第二部长田村怡与造大佐（后来晋升为中将）前往海参崴视察。当他们见到花田仲之助时，不禁感到惊讶，并带着几分责备地说道：“花田简直已经彻底变成和尚了！”
在接下来的三年里，花田仲之助的足迹遍布西伯利亚各地，还曾多次前往吉林、长春、满洲里等地进行调查和考察。尤其是他对俄国东清铁路的建设状况格外关注。在1899年10月，花田晋升为中佐，并于12月返回了日本。在回国后，花田将自己在三年期间所获得的情报整理成一篇名为《对俄意见书》的报告，呈交给参谋本部和相关当局。
在这篇详尽的报告中，花田首先指出，自己在西伯利亚的驻地三年里，曾亲身走访过中俄边境，行程跨越了近万里，亲眼目睹了俄国在远东地区的雄心壮志。他写道：“俄国的计划异常深远，东亚的局势急迫，远超出我的预期。”他详细介绍了俄国在西伯利亚和满洲地区的建设情况，指出俄国的目标是完全占领整个“满洲”，并通过这一行动“拯救”朝鲜和中国免受更大威胁。在这篇报告中，花田还提到了俄国在这些地区的军事建设情况、军备水平以及俄罗斯的民俗文化等，报告对于日本军政当局制定对俄战略具有重要的参考价值。
此外，位于哈巴罗夫斯克的竹内商店，也是日本参谋本部在西伯利亚的另一个重要情报据点。商店的主人竹内一次，原籍爱知县人，1894年他曾远赴荷属印度尼西亚开设杂货生意，虽然生意失败，但他很快便回到了日本。1896年，竹内来到了海参崴，经营西服与杂货生意，不久后赚取了不菲的收入，还学会了俄语。1897年，他北上哈巴罗夫斯克，生意依然做得红火，除了杂货，他还开设了照相馆。竹内为人圆滑，很快在当地日本侨民中成为了领袖人物，还与俄国哈巴罗夫斯克的总督里尼维奇建立了深厚的友谊。1898年，参谋总长川上操六在视察西伯利亚时，发现竹内具有极好的情报网络，便把他秘密发展成了日本军方的间谍。从此，竹内的商店成了日本间谍活动的中心。
竹内毫不保留地投身于间谍工作。1899年，当参谋本部的第二部长田村怡和造大佐来到西伯利亚时，竹内的家成为了他们与间谍人员接头的秘密场所。竹内的帮助为日本提供了许多关于俄国的关键情报。到了1904年，日俄战争爆发时，竹内曾短暂返回日本，但战后他又重返哈巴罗夫斯克，并继续为日本提供情报。在俄国十月革命后，竹内依然在西伯利亚发挥了重要作用，尤其是在日本出兵西伯利亚期间，他的情报工作对日本军队十分关键。
在海参崴与哈巴罗夫斯克之间的军事要塞伊曼，还存在着由玄洋社成员设立的其他情报据点，其中包括服部杂货店和平山杂货店。服部杂货店的店主是服部扶造，他从少年时期就深受日本右翼军事思想的熏陶，年轻时便结识了许多军国主义人物。1889年，他加入了玄洋社，并于第二年独自一人前往海参崴学习俄语，接着又在中国湖北学了两年汉语。1897年，玄洋社的领袖内田良平听说俄国人在伊曼地区修筑军事要塞，立刻指派服部前去，借开杂货店为掩护，搜集周边地区的情报。服部不仅成功打入了当地的俄国社会，还为日本提供了大量军事信息。在日俄战争爆发后，服部一度返回日本，战后又重返伊曼，继续他的间谍活动，直至十多年后。服部在日本出兵西伯利亚时，还协助日军策划了针对俄国的叛乱行动。
平山杂货店则由玄洋社的成员平山长一于1897年创办。他通过与伊曼守备队长格里高里耶夫大尉的妻子建立关系，逐渐接触到俄国军官的家庭，借此获得了大量情报。在格里高里耶夫负责建设要塞炮台时，平山推荐了几名自己训练过的间谍，进一步获取了有关军事设施的重要情报。
在日本对俄国进行间谍活动的过程中，除了常见的情报据点，还有一些重要的秘密据点，包括海参崴的柔道馆、扶桑馆（作为旅馆使用），以及布拉戈维申斯克的照像馆等。这些地方被用作暗中传递情报的场所。指挥机关的设立地点位于海参崴，负责指挥的人员更是频繁更换，其中包括町田经宇大尉（后升为大将）、武膝信义大尉（后授男爵，并晋升为元帅）、以及石坂善次郎少佐等人。除了这些直接负责的指挥官，参谋本部还会派遣人员前往这些地区进行巡视与指导，例如田村怡与造、伊地知幸介、上原勇作等人，他们都曾亲自到过西伯利亚，与当地的间谍们面授机宜，确保情报工作能够顺利进行。
在日本对俄国进行间谍活动的过程中，有一个不为人知的重要因素，那就是日本妓女所发挥的巨大作用。这些妓女大多数来自日本，她们在19世纪80年代开始活跃于海参崴及周边地区。她们的温柔、诚实与善良让她们在人际交往中广受欢迎，逐渐形成了一个广泛的情报网。这些日本妓女不仅遍布俄国远东地区，而且在满洲、朝鲜、蒙古等地也有她们的身影。她们成为了间谍活动中不可忽视的力量，提供了大量重要情报。
其中，石光真清，曾在俄国西伯利亚和中国东北等地活动的日本间谍，曾提到这些妓女们的贡献。她们就像一个现成的情报网，通过与当地人建立起的关系，收集到了大量宝贵的情报。著名间谍明石元二郎和参谋本部的福岛安正也都对这些女性的作用给予了高度评价。他们认为，尤其在远东地区的俄国本土，这些女性为情报人员提供了极大的帮助。福岛安正甚至写了一首诗《落地花瓣、灿灿明星》，通过诗歌表达了这些女性如何从普通人转变为忠诚的“爱国者”。
有趣的是，在1897年，黑龙会的头目内田良平曾到西伯利亚进行考察。在一次行程中，他在一个名为扬哈奇的小镇上发现了两家日本妓院。在这些妓院中，有一名妓女将俄国电信队军官手中窃取的电报密码本交给了内田良平，托他带回日本。这个密码本最终被交到参谋本部次长川上操六的手中，当他看到这本密码本时，喜出望外，称其为“极为珍贵的东西”。此外，还有一名名叫安藤芳的日本妓女，她在1903年潜入哈尔滨，专门诱惑俄国军官。她被一位俄国将军收养为妾，得到了将军的宠爱。借此机会，她偷取了一份军用地图，标记了俄军在东北地区的驻军情况、防御工事以及物资储备等重要情报。安藤芳连夜逃往北京，将这份地图交给了日本公使馆的武宫青木宣纯大佐，令他大为惊喜，立即派人护送她返回日本。
哈尔滨曾是松花江畔的一个小渔村，直到俄国侵略东北，借着修建东清铁路的机会，迅速将其改造成了一个欧式大都市。随着城市的发展，哈尔滨渐渐成为俄国在远东的政治中心。这一变化引起了日本参谋本部的高度关注，立即派遣间谍潜入该地区，建立情报网络。其中，石光真清创办的“菊地照像馆”是一个非常成功的情报据点。
石光真清出生在1868年的熊本县，他在中日甲午战争中参与过作战，并且参与了日本对台湾的侵略行动。1899年，他接受了参谋本部的任务，前往远东侦察俄国的军事动向，尤其是他们在东北的扩张计划。这一任务使他开始了自己漫长的间谍生涯。
1899年8月，石光乘坐日本邮船“相模丸”抵达了海参崴，并在当地停留了一个多月。之后，他按照指示继续向上游航行，最终抵达了布拉戈维申斯克——当时俄军在西伯利亚的主要基地。他化名“菊地正三”（取自妻子的姓和他的乳名），并以“自费留学生”身份开始了他的工作。借助日本侨民的支持，他住进了俄国一位小学教师阿历克塞耶夫的家里。
随着时间的推移，石光的俄语能力日益提升，并且他逐渐融入当地的社会，与俄罗斯人、中国人以及朝鲜人建立了不少联系。在这段时间里，石光不仅获取了大量有用的情报，还能在不引人怀疑的情况下，默默地监视俄军的军用物资流动。偶尔，他通过简单的手段向海参崴的上司传递情报，都能毫无阻碍地完成。
有一次，他甚至被哥萨克骑兵团的大尉波波夫接纳，住在了波波夫夫妇家中，并且被他们赋予了一个俄国名字——谢苗诺夫·伊凡诺维奇。在与波波夫一家共进晚餐时，石光常常能听到关于俄军内部的机密信息，包括他们对“满洲派遣军”的讨论，这让他收获了不少意外的情报。
随着俄军在1900年发起对中国东北的大规模侵略，情况变得愈加紧急。石光被紧急召回海参崴，向上级汇报布拉戈维申斯克以及与中国接壤地区的情报，并接受了新的命令——转往哈尔滨进行更加深入的间谍活动。
到达哈尔滨后，石光首先开设了一家浆洗店，作为自己的掩护。随着局势的发展，他与参谋本部的上司町田经宇和武藤信义商讨后，决定调整情报工作的策略。石光提出，要在哈尔滨建立情报网络，利用当地的地理位置和俄军的管辖空隙，来收集更多的军事情报。
为了掩人耳目，石光设立了“菊地照像馆”，这不仅能为他提供一个合法的身份，还能方便他与俄国军官及官员建立关系。参谋本部批准了这一计划，并为他提供了3000元资金支持。参谋本部要求石光在经营过程中保持低调，不让人察觉其背后的军事目的。石光的任务是让照像馆成为一个既能掩护间谍活动，又能让他接触到俄军信息的安全基地。
1901年9月20日，“菊地照像馆”正式开张。初期，石光雇佣了几名职员，并将照像馆经营得有声有色。渐渐地，照像馆不仅获得了俄国军政官员的青睐，还承接了大量军事摄影工作，甚至为俄国远征军拍摄军事设施的修建进度。为了拉近与俄方的关系，石光还通过赠送一些带有色情内容的照片来博取他们的好感。虽然这种手段增加了开销，但却成功赢得了俄军的信任。
照像馆的生意逐渐扩展，俄军不仅将军事测量任务交给石光，还要求他拍摄许多与军事相关的照片。
在拍摄与洗印关于军用设施、铁路建设等照片时，俄方对于这些照片有着严格的控制措施。根据规定，照片只能在铁路管理局设立的专门照相室内进行处理，而且必须有官员全程监督。洗印完成后，所有底片都需要交给俄方保存。然而，日本方面很快便想出了应对之策。他们通过故意制造次品照片的方式来应付检查。具体方法是在冲洗照片时，有意让图像不清晰，之后再进行加工修复，恢复为符合要求的照片。这种手段不仅成功蒙混过关，而且他们还巧妙地将所有照片都处理成“次品”，让俄方无法产生任何怀疑。通过这种方式，他们不断地从俄方获取了许多重要的图像资料。
之后，菊地照像馆更是得到了俄军和铁路部门的信任，成为了“指定照像馆”，得以拍摄并洗印一些重要战略地点及设施的照片。更为高效的是，他们会将处理过的照片图像去除，贴在箱子内部，通过这些“伪装”手法，轻松将照片运输至海参崴。此外，他们还以购买摄影器材为名，多次派遣人员回到日本，这些举动完全没有引起俄方的警觉。
随着日俄战争的临近，石光真清接到了参谋本部的指令：“需要对满洲的情况，特别是俄国在北满地区的活动，进行详细侦查，并及时上报。”基于这一命令，石光决定在东北和西伯利亚设立多个分支机构，特别是把重点放在东北的北部区域。为此，他于1902年夏天亲自南下进行考察，走访了哈尔滨、吉林、长春、奉天、农安、伯都讷、齐齐哈尔、满洲里等地，最终制定了详细的分支设立计划，并在同年秋季着手实施。到1903年10月，分支网点已经基本完成：以哈尔滨为主点，东部和海参崴之间设立了多个联络站，南部在大连开设了照相馆，西部则在满洲里开设了杂货店等。特别是在哈尔滨和大连的照像馆，规模最大，功能也最为完善，逐渐构建起了一个覆盖满洲的大规模情报网络。
1903年夏末，日本陆军少将上原勇作（后来成为元帅）到东北视察，并在大连与石光会面，要求他对交通系统，特别是铁路运输能力进行细致侦查。同年8月，日本邮船公司的一行人来到哈尔滨，肩负着调查俄军运输能力和如何在战争爆发后将兵力迅速调动的重任。石光与他们共同分析了东北的地理环境、俄军在该地区的部署以及铁路建设进展，并讨论了破坏俄军铁路运输的具体行动计划。
随着局势的愈加紧张，1903年11月，俄国陆军大臣克鲁巴特金将军前来视察东北。对于菊地照像馆而言，这无疑是一次不容错过的机会，他们随同俄方前往各个重要地点拍摄了大量珍贵的“纪念照片”。
1904年，日俄战争爆发后，菊地照像馆和各地分店相继撤离，石光的情报工作也暂时告一段落。几年间，他在西伯利亚和东北的各地活动，经营着照像馆、杂货店、汽水厂等，伪装身份，运用各种手段达成了自己的目的。在销毁所有可能暴露身份的物品后，石光和其他成员乘坐火车前往旅顺，再转船前往烟台，准备返回日本。然而，正当他们踏上归途时，石光被召回服役，并从预备役陆军大尉晋升为第二军司令部的副官，正式投入到日俄战争的战斗中。
战争结束后，石光真清继续在中国东北从事商业活动。十月革命爆发后，他再次接到指令，潜入西伯利亚，继续为日本关东都督府和参谋本部从事情报收集和策划活动。
喀喇沁旗，位于内蒙古东部，横跨承德与赤峰之间，地理位置极其重要，成为了日俄战争前夕两国争相角力的焦点之一。由于其地理位置的关键性，俄国势力早早便在这里布下了布局，逐渐在该地区树立了强大的影响力。然而，日本并不甘示弱，紧随其后，积极寻找机会，在这个战略要地与俄国争夺主导地位。
1901年，日本的大陆浪人川岛浪速得知，肃亲王善耆对俄国在内蒙古逐步扩展势力的态势感到不安，开始萌生依赖日本力量来抵抗俄国的念头。川岛通过与日本驻北京的公使内田康哉及武官青木宣纯的交流，迅速向日本政府传递了这一信息。日本方面十分重视此事，并决定利用肃亲王善耆与喀喇沁王妃善坤的亲戚关系，拉拢贡桑诺尔布——喀喇沁的郡王。
到了1903年2月，日本外务省和参谋本部联手，借大阪第五次万国劝业博览会的契机，邀请贡桑诺尔布访问日本。贡桑诺尔布此行不只限于大阪，他还参观了东京、神户、京都等地，目睹了日本在明治维新后的飞速发展，深受震撼。尤其是在拜访教育家下田歌子时，歌子为他详细介绍了日本女子教育的成就及其对国民素质提升的巨大作用，这一经历使得贡桑诺尔布产生了在日本支持下兴办蒙古族女子学校的想法。
回国后，他在肃亲王善耆的帮助下，成功向清政府申请了日本政府派遣女教师的支持。日本方面欣然应允，立即开始了相关安排。最终，河原操子，这位在上海务本女子学堂教授的女教师，成为了负责此项工作的首选。
河原操子，出生于松本藩的武士家庭，自幼接受良好教育，曾在东京的女子高等师范学校学习，并在长野女子高等学校任职。1900年，她被下田歌子推荐，前往横滨大同学校女子部任教。后来，又应邀前往上海的务本女子学堂担任教师，在当地深受学生们的喜爱。她的教学方法受到广泛赞誉，成为了上海名声响亮的外籍女教师之一。
当内田康哉与青木宣纯决定聘请河原操子时，经过多方考量后，确定她可以胜任这项“特殊任务”。河原操子准备启程前，父母深知她将承担的责任，特别赠送了她一把匕首和一支手枪，希望她能在关键时刻保护自己，甚至为国家挺身而出。带着父母的嘱托，她踏上了前往内蒙古的旅程。
1903年10月中旬，河原操子抵达北京，经过日本驻华公使和武官的多次评估与指导后，她被认为具备了执行任务的资格。她的行程紧张而充满挑战，喀喇沁王贡桑诺尔布对她的到来高度重视，专门安排了迎接和护送工作。
12月17日，河原操子穿着日本服装，从北京出发，途经密云、古北口，越过长城，最终在第三天到达承德。经过六天的长途跋涉，她一行终于来到了喀喇沁王府所在的塞外草原。王府的迎接人员在寒风中等待她的到来，王妃善坤也亲自为她安排了住宿和饮食，并特别为她量身定做了蒙古族的传统服装。
终于，在1903年12月28日，蒙古族的第一所现代女子学校——“毓正女学堂”在喀喇沁王府正式开学。学校由贡桑诺尔布亲自命名，善坤担任校长，河原操子则成为了学校的教育顾问兼女校总教习。学校的各项事务，包括课程设置、教材编排以及教室布置，几乎都由河原操子亲自设计和安排。她负责教授日语、算术、音乐、体育、图画、家政等课程，并通过每月的日语演讲会来加强学生的语言能力。开学初期，学校仅有24名学生，但在短短几个月内，人数迅速增至60余人。
河原操子天生容貌出众，且极具心机，因而深得喀明沁郡王及其王妃的宠爱和信任。每当郡王出巡时，总是带着她同行。借此机会，操子不仅能享受郡王的青睐，还巧妙地利用外出的时机，暗中收集有关俄国军队在内蒙古部署的情报，并将这些信息传递给驻北京的日本公使馆。通过她的努力，日本逐渐掌握了内蒙古的军事动态，为日本的决策提供了极为重要的情报支持。
她初到内蒙古后不久，便受到了喀喇沁郡王的邀请。与此同时，为了加强在蒙古地区的军事影响，日本参谋本部派遣了大尉伊藤柳太郎前来协助训练当地的军队。在喀喇沁王府的庇护下，操子与伊藤柳太郎共同建立了一个情报网，通过他们的精心布置，内蒙古东部逐渐成为了一个战略要地。
除了收集军事情报，河原操子和伊藤柳太郎还通过与喀喇沁郡王贡桑诺尔布的合作，努力争取蒙古各大部落的支持。他们尤其注重影响翁牛特旗、奈曼旗、土默特旗、克什克腾旗、巴林左右翼旗等蒙古贵族，让这些部落的政治立场倾向日本。
日俄战争爆发后，青木宣纯组织的“特别任务班”开始了他们的行动，目标是摧毁俄军的铁路桥梁。在一次行动中，这支队伍经过喀喇沁王府，河原操子为他们提供了极大的帮助，她不仅为他们提供了补给，还安排了向导，甚至鼓励道：“作为一名弱女子，我能够为诸位提供帮助，正是我报国的一份心意。”在这些支持下，任务班的成员们能够顺利完成使命，而操子则持续向上级报告俄军的动态和内蒙古的局势，帮助日本参谋本部保持战略上的主动。
尽管操子在这段历史中发挥了至关重要的作用，她在回顾这些经历时，心情却颇为复杂。她曾坦言，尽管自己深得喀喇沁王及其王妃的信任，但过度的权谋博弈让她常常夜不能寐，幻觉时常缠绕着她的思绪。
日本陆军大将渡边锭大曾评价河原操子：“她作为一个年轻女子，在日俄战争初期能够深耕内蒙古的喀喇沁旗，不仅担任王府教育顾问，推动当地女子教育的改革，同时也巧妙地利用自己在王府的信任，为日本陆军的特别任务班提供了极大的便利。她的勇敢与聪明才智，至今仍让我们感叹。”
无可否认，河原操子在促进蒙古族的现代教育，尤其是女子教育方面，确实发挥了积极作用。然而，她的所有行动，最终都还是受到了日本帝国主义侵略扩张利益的支配。在日俄战争结束后，河原操子因其在谋略方面的贡献，获得了日本天皇的嘉奖，赐予她六等勋章和宝冠章，完全是对她在战争中作用的认可。作为女性，河原操子无疑是第一个以军事功勋获得如此荣誉的人。
1906年1月，河原操子返回日本，并与横滨正金银行纽约支行的副行长一宫铃太郎结婚，随即移居美国。她后来还撰写了《喀喇沁王妃和我》一书，回顾了她在内蒙古的经历和对日本的贡献。
1901年2月3日，内田良平与一批来自日本大陆的浪人，在东京都神田的锦辉馆成立了黑龙会。这一团体的目标明确，那就是策动日本对俄国的斗争，以确保在亚洲大陆的扩张和主权。关于“黑龙会”这个名称的由来，马尔科姆·D·肯尼迪在其著作《日本史》中提到：“黑龙江，位于满洲北部的阿穆尔河，成为了该会名字的来源。取此名寓意着将俄国赶过阿穆尔河，驱逐出满洲。”
黑龙会最初作为玄洋社的分支，起初专注于针对俄国的间谍活动，逐渐扩展至对中国和朝鲜的情报搜集。该组织的纲领也指向了世界格局的改变，并提出：“本会将制衡全球列强，认为要实现世界战略的首要步骤，便是调查满洲、朝鲜和西伯利亚的各种情形。”其宗旨是“运用外部和内部的调查手段，为日本振兴帝国出谋划策”。为了推动这一目标，黑龙会专门从拥有实践经验和学术背景的会员中挑选调查员。
成立初期，黑龙会的核心成员包括伊东正基（后来改名为伊东知也）、葛生玄暲（改名为葛生东介）、吉仓涅圣等30余人。内田良平担任总负责人，组织内还设有干事和评议员，负责监督和推动事务的开展。此外，黑龙会还创办了《黑龙》月刊，用于宣传其理念和目标。
内田良平，1874年生于九州福冈，从小便受到“国校论”的熏陶，形成了强烈的法西斯主义思想。他一贯推崇对外扩张，主张日本应对外进行侵略。甲午战争后，内田多次访问俄国，深入研究俄国的政治体系和社会现状。他的观察表明，俄国是日本在亚洲扩张的最大威胁，但也存在着严重的内部问题，足以被击败。1898年，他从俄国返回日本后，写下了《俄罗斯国内之大缺陷》，在《东亚时论》上发表，批判俄国的腐败现象，宣传俄国并非不可战胜。
1899年夏，内田再次潜入俄国远东重镇海参威，与一群早已潜伏在此的同伴进行秘密讨论，筹划如何破局俄国。回国后，他本打算带领葛生能久前往中国东北进行考察，却被日本政府以“危险人物”列入监控名单，阻止了他的行程。面对政府的压制，内田不再直接对抗，转而采取更为隐秘的方式，成立了黑龙会以组织合法的抗争行动。
黑龙会成立后，内田和其他核心成员常常聚集在他家中商议如何通过舆论发动对俄的战争。为了推动这一进程，黑龙会通过其月刊《黑龙》发布了大量煽动对俄战争的文章，尽管杂志屡次遭到查禁，然而其影响力却在不断扩大。1901年，内田发表了《俄罗斯亡国论》一书，从多个角度剖析俄国的种种矛盾，提出俄国的灭亡是注定的。他认为，俄国的扩张主义源自国内深层的矛盾，一旦停止扩张，整个帝国将面临崩溃。他大胆预测，如果发生战争，日本必定能够战胜俄国。
《俄罗斯亡国论》一书曾被政府查禁，但在经过多次交涉后，书名改为《俄罗斯论》才得以出版。这本书在日本社会引起了广泛讨论，尤其是在俄罗斯帝国最终于十月革命中覆灭后，内田的分析被认为是极为精准的。
黑龙会的间谍活动日益增多，成员们深入俄国西伯利亚、中国东北和朝鲜等地，搜集情报。它接管了在海参崴的情报据点柔道馆，成为连接西伯利亚的中转站和情报交换的中心。日俄战争中，黑龙会的情报对日本军方的决策起到了至关重要的作用。内田根据收集到的大量信息，指挥团队制作了详尽的《俄国经营东方全图》，对中国东北和朝鲜半岛的战略布局做了详细分析，赢得了军方的高度评价。1901年，黑龙会在东京设立了“黑龙语学学校”，实际是培训俄语人才，为间谍工作提供语言支持。
1902年，得到伊藤博文的支持，内田良平成立了日俄协会，并以摄本武扬为会长，继续推动对俄的各种秘密行动。
1903年秋，内田良平通过国会议员、曾任玄洋社社长的平冈浩太郎的介绍，拜访了当时的参谋次长儿玉源太郎，提出了一项关于如何削弱俄军运输能力的建议。日俄战争爆发后，内田提出，俄军的饮水运输线是一个非常脆弱的环节，而中国东北地区正有一批“马贼”武装，其中不少人并未被俄方收买，且对俄国抱有敌意。更有甚者，黑龙会的成员在中国东北和西伯利亚的广泛分布，这些反俄的“马贼”同黑龙会保持着联系。
“如果能将这些零散的队伍组织起来，专门去破坏俄军的铁路和桥梁，就能够大大削弱他们的运输能力。”内田分析道。这个建议令儿玉颇为赞赏，随即指示工兵少佐武内彻与内田共同研究破坏西伯利亚铁路的具体方案。尽管如此，由于当时尚未得到日本政府的正式批准，这一计划未能在日俄战争爆发前付诸实践。
尽管黑龙会最初的目标是针对俄罗斯，但随着日俄战争的结束，这个组织不仅没有解散，反而迅速壮大，会员从最初的数百人发展到数十万。“内阁大臣、高级军官、职业间谍、地方势力乃至雇佣刺客等各色人物都纷纷加入，”有记载称，黑龙会的活动范围也从日本扩展至朝鲜、中国、菲律宾、马来西亚、香港、新加坡、印度、阿富汗、埃塞俄比亚、土耳其、摩洛哥、美国，甚至加勒比和南美洲的一些国家。
尤其在中国，黑龙会的势力几乎渗透到社会的各个角落，进行各种阴谋活动。末代皇帝溥仪对此深有体会，他曾深刻指出，黑龙会的势力已深入到中国各个阶层，从清朝末年的王公大臣如升允之类的官员，到普通的市民和走街串巷的小人物，都有其活动的踪迹。在溥仪曾居住的天津住所，甚至身边的随侍人员，也有不少与黑龙会有着千丝万缕的联系。