公元4世纪以后，随着基督教在罗马帝国范围内确立统治地位，从本质上属于另类信仰的占星术，自然而然地与基督教发生了冲突。
彼时，罗马帝国已处于风雨飘摇之中，一些基督教会的权威人士便开始对这种“异端”学说展开了猛烈抨击。
当基督教在西方占据统治地位后，以奥古斯丁等人为首的神学家对占星术进行了大力鞭挞。
圣·奥古斯丁（公元354—430年），出生于北非（现阿尔及利亚），是古罗马帝国时期著名的基督教思想家，也是欧洲中世纪基督教神学的重要代表人物。
奥古斯丁在皈依基督教之前，对世俗文艺颇为喜爱，对古希腊罗马文学有着深入的研究，还曾担任文学、修辞学教师。然而，在皈依之后，他对自己曾沉迷世俗文艺深感懊悔，极力抨击世俗文艺。他将哲学与神学巧妙地调和起来，运用新柏拉图主义来论证基督教教义。
奥古斯丁认为，一切美皆源自上帝。美是有等级之分的，最高的、绝对的美就是上帝，其次是道德美，而形体美则属于低级的、相对的美。低级有限的形体美本身并无独立价值，它只是通向无限的绝对美的阶梯。美体现为整一、和谐，而整一与和谐是上帝按照数学原则创造出来的，所以美的基本要素是数。
显然，这一观点受到了毕达哥拉斯学派的影响。此外，他还主张艺术应摒弃现实世界，转而反映上帝，以达到为宗教服务的目的。具体而言，造型艺术应用于装饰教堂，诗和音乐也应当用于赞美上帝。
作为一名虔诚的基督徒，奥古斯丁在其名著《忏悔录》中，对占星学进行了极力抨击。实际上，奥古斯丁早年也曾研究过占星学。因为在当时，为了吸引信徒，基督教并未明确反对占星术。但由于占星学的预卜未来与以一切为上帝旨意的基督教教义相互抵触，所以必然会引起教会人士的批判。
不过，随着西罗马帝国的灭亡和拜占庭帝国的建立，中世纪欧洲与东方的文化交流愈发频繁，经历了短暂低潮的占星术又得以继续发展。到公元6世纪以后，大部分西方学者开始承认，占星学是整个人类知识体系中的一个重要组成部分。
例如，东哥特王国时期的意大利学者波伊提乌，在其著作《哲学的慰藉》中提出，行星的运行是由“不朽的神意”所操控的，而从恒星的天球运动中，可以演绎出尘世的事务。他还赞同柏拉图的见解，认为每个行星都有着自己对应的音阶，构成“天球的音乐”，显示出宇宙的和谐。该书中还有一些推算天球运行的细节内容，并绘有一些在占星学著作中常见的示意图。
公元8世纪以后的数百年间，欧洲先后涌现出一大批著名的占星学家，而那些统治者也对他们极为器重。据说，在公元1066年诺曼公爵威廉渡海征服英国时，正值哈雷彗星出现，人们认为正是这颗彗星“引导着公爵取得胜利”。
威廉本人也非常笃信占星术，在远征时还带着自己的宫廷占星家。随后，占星家又为他择定了加冕为英国国王这一仪式的吉时——公元1066年圣诞日中午，这一时刻被认为意义非凡，它正可为英格兰择定一张新的算命天宫图。也正是从那时起，欧洲大陆上流行的占星学传入英国，并得到了越来越多人的信任。
到13世纪以后，中世纪欧洲的占星术再度繁荣，其兴盛程度甚至超过了希腊化时期，各种占星术都取得了更大的发展。
从中世纪中期开始，一套将黄道十二宫与日月及五大行星相互对应附会的学说日益流行起来。在当时的许多著作、绘画中，都能看到这套学说的体现和影响。基于这套学说，又衍生出了许多结论。比如，日月和五大行星常在一些占星图册中被绘成人形，他们手中所持的器物也相对固定，具体如下：
日：老年王者，手持书册与权杖。
月：裸女，手持号角与火把。
水星：男子，手持囊袋和两条缠在一起的蛇。
金星：裸女，手持镜子与花卉，有时还头饰花冠。
火星：武士，顶盔披甲，手持军旗和利剑。
木星：猎人状，手持箭矢和杖。
土星：男子，手中持镰刀，有时还拄着拐杖。
在中世纪，趋于成熟的占星术越来越多地渗透到社会的各个领域。虽然生辰占星术在欧洲各国占据主流地位，但类似巴比伦时期的军国占星术也时常成为焦点——占星家们甚至能够介入国家的政治生活。因此，在这数百年间，欧洲社会上不断流传着形形色色的预言，构成了一大历史景观。
据历史记载，就连当时的教皇也对占星术深信不疑。例如，教皇克雷芒六世就曾命占星家穆尔斯为其排算了“占星年历”。
这种“年历”实际上是一份预言编年表，占星学家会根据其人出生时刻的算命天宫图，推算出此人今后逐年的祸福、健康、奇遇以及注意事项等内容，有时篇幅长达数百页。
当时人们相信，如果占星家为某人所排算的占星年历有多少年，就意味着此人能活多少岁。
在著名的英法“百年战争”期间，占星家还积极预测战役的胜负、国王的死期以及王位继承人的命运等。可以说，直到14世纪末，欧洲各国的宫廷在相当大的程度上仍依赖占星家。
那些君主们需要占星家的智慧和预言，让他们提供咨询，充当顾问，甚至直接参与机要事务，委以重任。相较于希腊化以及罗马时代，占星术的整体地位得到了进一步提升。
中世纪欧洲的占星术发展历程可谓波澜起伏，它在与基督教的冲突中经历了低谷，却又在文化交流与社会需求的推动下再度繁荣。占星术不仅在学术领域有所发展，还深度渗透到社会生活和政治生活中，成为当时欧洲文化的一个重要组成部分。