元世祖至元二十三年（公元1286年），新年伊始，因皇太子去世，取消朝贺，国家在悲痛氛围中，各项事务仍稳步推进。
春正月戊辰初一，朝廷禁止携带金银铜钱越海进行互市贸易，以维护金融秩序和经济稳定。甲戌，鉴于日本远在孤岛，征讨之举劳民伤财，皇帝决定罢征日本，召回阿八赤，遣散雇佣的民船，这一决策及时减轻百姓负担，避免了不必要的损耗。同时，将江南被人占据的废弃寺庙田土，全部交付总统杨琏真加用于修寺，合理调配资源。己卯，设立罗不、怯台、阇鄽斡端等驿站，加强了边疆地区与内地的交通和信息联系。吕文焕以江淮行省右丞身份告老还乡，朝廷批准，并任命他的儿子为宣慰使，体现对功臣的优待。庚辰，马八国派遣使者进献铜盾，彰显外交交流成果。壬午，朝廷遣使代祀岳渎东海，遵循传统祭祀礼仪，祈求国泰民安。癸未，撤销巩昌二十四城拘榷所，将相关事务归入有司管理，优化行政机构设置。还拿出钞五千锭在沙、静、隆兴等地籴粮，保障粮食储备。应桑哥请求，命杨琏真加送宋朝宗戚谢仪孙、全允坚、赵沂、赵太一到京师做人质，加强对前朝势力的管控。甲申，忽都鲁请求让亦集乃之地屯田新军二百人开凿河渠，因工程浩大，希望借助附近百姓和西僧余户之力，朝廷批准，促进当地水利建设。憨答孙遣使汇报有八百多军士疲乏，请求赈济，皇帝虽认为派人核查已缓，但仍下令先行赈济，展现对军士的关怀。丁亥，焚烧阴阳伪书《显明历》，加强思想文化管控。辛卯，命令阿里海牙等人商议征讨安南事宜，为军事行动做筹备。癸巳，将福州长溪县升为福宁州，福安、宁德二县归其管辖，调整地方行政区划。丙申，安排一千新附军在合思罕关东旷地屯田，官府提供农具和牛种，促进农业开发。丁酉，皇帝到近郊打猎。叙州降为县，隶属于蛮夷宣抚司，朝廷还下诏禁止阻挠盐课征收，设置诸路推官审理刑狱，上路设二员，下路设一员，提升司法管理。龙兴武宁县升为宁州，分宁隶属宁州，完善地方治理体系。
二月己亥，敕令中外，所有持有铁尺、手挝及藏刃之杖的汉民，都要将这些物品上缴官府，加强社会治安管理。辛丑，朝廷派使者携带钞五千锭赈济诸王小薛所部饥民，解决民生问题。甲辰，任命雪雪的斤为缅中行省左丞相，阿台董阿为参知政事，兀都迷失为签行中书省事；阿里海牙仍为安南行中书省左丞相，奥鲁赤为平章政事，都元帅乌马儿、亦里迷失、阿里、昝顺、樊楫为参知政事。并遣使告知皇子也先铁木儿，调合剌章军千人或二三千人，交付阿里海牙随军征讨交趾，还要求上报将士姓名，积极筹备征讨交趾。乙巳，朝廷商议认为东北诸王所部杂居，宣慰司威望不足，于是撤销山北辽东道、开元等路宣慰司，设立东京等处行中书省，任命阔阔你敦为左丞相，辽东道宣慰使塔出为右丞，同签枢密院事杨仁风、宣慰使亦而撒合为参知政事。敕令中书省按照先朝惯例，将大府监储存的金银分赐诸王。重新设立大司农司，专门掌管农桑事务，将宣徽院升为正二品，镇巢府降为巢州。丁未，采纳御史台臣建议，制定按察司巡行郡县法，除留二员使司，副使以下每年二月分别前往各地巡察治理，十月返回，加强地方监察。丙午，太阴犯井。戊申，枢密院上奏，之前派遣万人屯田，除每年费用外可卖钞三千锭，请求将这些粮食分给各翼贫困军士，皇帝同意，关怀军士生活。调派京师二千新附军立营屯田。癸丑，重新设置隰州大宁县。丁巳，命令湖广行省建造三百艘征交趾海船，八月在钦、廉州会合。戊午，将江南四处行枢密院并入行省，优化军事机构。命令荆湖占城行省统领江浙、湖广、江西三行省六万人马讨伐交趾。荆湖行省平章奥鲁赤因征交趾事宜请求入朝觐见，皇帝下诏让他乘驿车赴京。集贤直学士程文海建议御史台按察司参用南人，皇帝与玉速铁木儿商议，玉速铁木儿表示应选拔贤者，皇帝则指出汉人任职者并非都贤能。朝廷还将江南诸路学田重新归还给本学，以促进教育发展。封陈益稷为安南王，陈秀嵈为辅义公，并下诏晓谕安南吏民，推进对安南事务的安排。重新设立岳、鄂、常德、潭州、静江榷茶提举司，加强茶叶贸易管理。癸亥，太史院呈上《授时历经》《历议》，皇帝敕令藏于翰林国史院，重视天文历法成果。甲子，将平原郡公赵与芮在江南的田产重新划归东宫，设立甘州行中书省。丙寅，因编纂地理书籍，征召曲阜教授陈俨、京兆萧[插图]、蜀人虞应龙，只有虞应龙赴京。
三月己巳，御史台臣建议，按察司参用南人一事，应让侍御史、行御史台事程文海与行台官广泛选拔公正廉洁的知名之士，上报姓名，皇帝命程文海带着诏书前往办理。太阴犯娄。疏浚治理中兴路河渠，改善水利条件。将云和署并入教坊司，精简机构。辛未，将梅、循二州降为下州。甲戌，雄、霸二州及保定诸县发生水患，淹没官民田地，朝廷征发军民修筑河堤抵御洪水，保障百姓生命财产安全。乙亥，麦术丁仍任中书右丞，与郭佑共同掌管钱谷事务，杨居宽负责铨选官员。设立钦察卫亲军都指挥使司，加强军事力量。赐给诸王脱忽帖木儿二万只羊。丙子，皇帝前往上都。诏命行御史台按察司八月巡行郡县。中书省臣指出阿合马时期诸王驸马往来的饷给费用，都取自万亿库，后来向百官征收俸禄偿还，极为不便，皇帝下诏免除在籍者的这笔征费。任命榷茶提举李起南为江西榷茶转运使，李起南曾提议将江南茶每引价格从三贯六百文增至五贯，中书省商议后，任命他为运使，并在其上设置达鲁花赤。丁丑，将东京行中书省迁至咸平府。癸巳，岁星犯垒壁阵。将临江路作为北安王分邑，明确分封区域。
夏四月庚子，中书省臣请求设立汴梁行中书省及燕南、河东、山东宣慰司，皇帝认为南京人口少且盗贼平息，不必设省，宣慰司则按请求设置。济南是胜纳合儿分地，太原是阿只吉分地，令各位委派官员共同治理。敕令免除云南从征交趾蒙古军的屯田租，减轻军士负担。设立乌蒙站，加强交通联系。江南诸路财赋都隶属于中书省，统一财政管理。云南省平章纳速剌丁呈上几件利于地方治理的建议：一是放松道路禁令，方便百姓往来；二是禁止商贩随征；三是取消丹当站让百姓缴纳金作为饮食费用；四是允许百姓伐木贸易；五是告诫使臣不要骚扰民居，设立急递铺节省驿骑，皇帝下诏商议施行。辛丑，陕西行省汇报延安置屯田鹰坊总管府，火失不花军逃散者都进入屯田，如今又要为秦王阿难答所部阿黑答思饲马及缴纳其他赋税，皇帝下诏全部免除，仍不悔改者判处死罪。甲辰，行御史台从杭州迁至建康，将山南、淮东、淮西三道按察司隶属于内台，增加行台色目御史员数，完善监察体系。丁未，江东宣慰司进献一本灵芝。庚戌，制定《谥法》。壬子，枢密院纳速剌丁说之前统领的五千渐丁军征讨打马国后疲惫不堪，如今诸王又要征调这支军队征讨缅国，请求指示，皇帝表示若兵力未受损就派遣。还谕令纳速剌丁分拨阿剌章、蒙古军千人，由能干的将领统领，前往交趾协助皇子脱欢。己未，派遣要束木核查荆湖行省钱谷。中书省拟任命要束木为平章政事，脱脱忽为参知政事，皇帝认为要束木是小人，侍奉自己仅五年，担任理算官即可，脱脱忽是奴仆的奴仆，只是令史、宣使之才，批评中书省拟议让人羞耻，让他们将此意告知安童。由于前往江南就食的汉民众多，在南方为官秩满后多不返回，朝廷遣使将他们全部迁回北方，并在黄河、江、淮诸津渡设置脱脱禾孙，凡汉民没有公文前往南方的予以阻止，经商者除外。中书省臣提议对盗窃数贯钞、携带佩刀微物及童幼窃物者，初犯杖责释放，再犯依法配役，皇帝表示因汉人徇私用《泰和律》处事致盗贼增多，所以曾下令盗贼不得释放，但人命关天，今后非详细审判，不得随意杀人。
元世祖至元二十三年（公元1286年），这一年国家在军事、政治、经济、民生等诸多方面持续推进，各项事务紧密交织，呈现出丰富复杂的历史图景。
五月丁卯初一，枢密院臣与玉速帖木儿商议别十八里军事，建议军行听伯颜节制，留务由孛栾带及诸王阿只吉官属统领，朝廷批准，合理安排军事指挥体系。己巳，荧惑犯太微西垣上将，在古代星象学中，这可能被视为一种特殊的天象预示。荆湖行省阿里海牙上奏要束木在鄂省钩考时可能存在贪贿行为，请求对其进行钩考，朝廷派参知政事秃鲁罕、枢密院判李道、治书侍御史陈天祥一同前往调查，以整顿官场风气。甲戌，汴梁发生旱灾，影响农业生产和百姓生活。将江东按察司迁至宣州，优化监察机构布局。庚辰，岁星犯垒壁阵。乙酉，荧惑犯太微右执法。敕令让四百名耽罗戍兵回家，体现对戍边士兵的关怀。庚寅，广平等路发生蚕灾，对当地的蚕桑产业造成打击。辛卯，霸州、漷州出现蝻虫，有引发蝗灾的隐患。安南国遣使来进贡方物，保持两国友好往来。癸巳，京畿地区发生旱灾，威胁京城周边的粮食供应和民生稳定。
六月丙申初一，太白犯御女。辛丑，中书省臣就阿里海牙与要束木互请钩考一事上奏，皇帝认为应让事情真相大白，依要束木所言追究到底，以确保政务清明。乙巳，朝廷以立大司农司诏谕中外，强调对农业的重视，大司农司负责掌管农桑事务，对国家经济基础意义重大。皇孙铁木儿不花原驻营亦奚不薛，因粮饷依赖西川，路途遥远不便，于是徙驻重庆府，保障后勤供应。朝廷将大司农司所定的《农桑辑要》颁行诸路，推广先进的农业生产技术和经验。命云南、陕西二行省籍定建都税赋，规范税收管理。戊申，搜括诸路马匹，色目人有马者三取其二，汉民马匹全部入官，藏匿或互市者治罪，这一举措可能与军事需求或马匹管理有关。辛亥，派遣亦马剌丹忒忽里出使交趾，加强外交沟通。癸丑，湖广行省线哥汇报，因用兵交趾，本省戍兵二万八千七百人计划七月在静江会合，已发精锐启行，但剩余一万七千八百人多为羸病、屯田等军，不堪用，朝廷敕令今年暂且作罢，根据实际情况灵活调整军事部署。丁巳，设立陕西等路诸站总管府，官秩从三品，加强对驿站的管理，保障交通和信息传递。庚申，甘肃新招贫民一百一十八户，朝廷敕令供给他们粮食，解决民生问题。敕令路、府、州、县捕盗者可持弓矢，规定各路十副，府、州七副，县五副，增强地方治安力量。任命薛阇干为中书省平章政事，充实行政领导力量。辛酉，封杨邦宪妻田氏为永安郡夫人，让她领播州安抚司事，稳定地方统治。派遣镇西平缅等路招讨使怯烈招谕缅国，拓展外交关系。广元路阆中出现麦秀两歧的祥瑞之象，高丽国遣使来进贡。
秋七月丙寅初一，派遣必剌蛮等出使瓜哇，加强对外交流。己巳，采纳中书省臣建议，因江南隶官之田多被强豪占据，设立营田总管府，对被占田地履亩计之，以整顿土地秩序。将尚酝监恢复为光禄寺，撤销辽阳等处行中书省，恢复北京、咸平等三道宣慰司，调整东北地区行政机构。给铁古思合敦贫民币帛各二千、布千匹，赈济贫困百姓。庚午，江淮行省忙兀带建议将行省迁至扬州，认为杭州位置不便财赋军实转运，扬州地控江海，便于驻扎重兵和转输物资，朝廷听从，优化行省布局。设立淮南洪泽、芍陂两处屯田，促进农业发展。壬申，平阳饥民前往邻郡就食，所在地区开仓赈济，体现对受灾百姓的救助。设置中尚监。右丞拜答儿率兵讨阿蒙，将其及其妻子擒获，全部伏诛，平定叛乱。丁丑，斡脱吉思部民饥荒，朝廷遣他们前往北京就食，对不愿前往者发米赈济。将雄、易二州重新隶属于保定，调整行政区划。为和林军储备物资，从京师输米万石，并在当地发钞籴米万石。辛巳，八都儿六百户饥民驻八剌忽思之地，朝廷给米千石赈济。壬午，总制院使桑哥呈上省臣姓名，皇帝对部分官员任职做出指示，右丞相安童，右丞麦术丁，参知政事郭佑、杨居宽留任，铁木儿为左丞，左丞相瓮吉剌带、平章政事阿必失合、都忽鲁另行商议，并让中书省选可替代者上报，调整行政领导班子。给金齿国使臣圆符，方便其往来事务。癸巳，铨定省、院、台、部官，明确各级机构官员设置，中书省、行中书省、枢密院、御史台、行台及六部官员数量都有规定，其余衙门由中书省斟酌裁减，精简行政机构。
八月丙申，朝廷发钞二万九千锭、盐五万引，购买米赈济诸王阿只吉所部饥民，缓解百姓生活困境。己亥，敕令枢密院派遣侍卫军千人扈从北征，保障军事行动。平阳路连年歉收，朝廷免贫民税赋，减轻百姓负担。撤销淮东、蕲黄宣慰司，将黄、蕲、寿昌隶属湖广行省，安庆、六安、光州隶属淮西宣慰司，调整行政区划。招集宋盐军，或许是出于军事或盐务管理考虑。将市舶司隶属于泉府司，优化海外贸易管理机构。乙卯，太白犯轩辕右角。辛酉，婺州永康县民陈巽四等谋反，被诛杀，维护社会稳定。甘州发生饥荒，朝廷禁酒，以节约粮食。撤销德平、定昌二路，设置德昌军民总管府，调整地方行政机构。
九月乙丑初一，马八儿、须门那等十国各遣子弟上表来朝觐，并进贡方物，展示元朝外交成果。因太庙被雨损坏，遣瓮吉剌带致告，将神主奉安到别殿，重视宗庙祭祀。甲申，太阴犯天关。丙辰，高丽遣使献上日本俘，体现外交和军事关联。当月，南部县生出嘉禾，一茎九穗，苍溪县产芝，被视为祥瑞之兆。
冬十月甲午初一，太白犯右执法。将南康路隶属于江西行省，将浙西按察司治所迁至杭州，调整行政区划和监察机构驻地。罢除诸道提刑按察司判官，行御史台监察御史及按察司官，即使是汉人也不禁弓矢，这一举措可能与社会治安或军事形势有关。襄邑县尹张玘、邹平县达鲁花赤回回因治理、捕盗理财有成绩，分别晋升不同等级，激励官员履职。丁酉，在太庙祭祀。戊戌，太阴犯建星。己亥，皇帝从上都返回。壬寅，太白犯左执法。派遣兵千人戍守畏吾境，巩固边防。乙巳，赐合迷里贫民及合剌和州民牛种，给钞万六千二百锭抵价，合迷里民再加赐币帛千匹，促进当地农业生产和民生改善。己酉，派遣塔塔儿带、杨兀鲁带率兵万人、船千艘征讨骨嵬，加强军事行动。中书省呈上宣徽、大司农、大都、上都留守司存减员数，皇帝表示禁近人员自己筛选，其余由中书省商议，精简机构人员。辛亥，太阴犯东井。黄河在开封、祥符等十五处决口，朝廷调南京民夫二十万四千三百二十三人分筑堤防，应对水患。癸丑，谕令江南各省所统军官教练水军，提升军事能力。派遣侍卫新附兵千人在别十八里屯田，设置元帅府统领，促进边疆开发。甲寅，太白犯进贤。因征缅功，调招讨使张万为征缅副都元帅，也先铁木儿为征缅招讨司达鲁花赤，千户张成为征缅招讨使，都赐予虎符，敕令造战船，率兵六千人征缅，秃满带为都元帅统领，加强征缅军事部署。乙卯，给皇子脱欢马四千匹，部曲人三匹，增强其军事力量。庚申，济宁路进献两茎灵芝。壬戌，改河间盐运司为都转运使司，调整盐务管理机构。将戍甘州新附军千人分别屯田中兴和亦里黑，高丽遣使来献十六名日本俘，马法国进献鞍勒、毡甲，兴化路仙游县虫伤禾苗，影响农业生产。
十一月乙丑，中书省臣汇报朱清等海道运粮情况，四年总计运粮百一万石，愿如数偿还斗斛耗折，风浪覆舟所损请免征收，朝廷批准，并任命张瑄、朱清为海道运粮万户，赐予虎符，保障海运粮食事务。敕令在禽兽孕育时禁止畋猎，保护动物资源。戊辰，太白犯亢。派遣蒙古千户曲出等统领新附军四百人在别十八里屯田，加强边疆建设。己巳，将思明等四州改为路，调整行政区划。任命阿八赤为征交趾行省右丞，筹备征讨交趾。丙子，因涿、易二州良乡、宝坻县饥荒，免今年租，给粮三月，平滦、太原、汴梁因水旱受灾，免民租二万五千六百石有余，减轻百姓负担。改广东转运市舶提举司为盐课市舶提举司，调整机构职能。丁丑，命塔叉儿、忽难出使阿儿浑，拓展外交。戊寅，遣使核查宣宁县饥民情况，给予周济。己卯，太阴犯井。辛巳，岁星犯垒壁阵。
十二月乙未，辽东开元发生饥荒，朝廷赈粮三月，救助受灾百姓。戊戌，太白犯东咸。癸卯，要束木查抄阿里海牙家资，运往京师。赐诸王术伯所部军五千人银万五千两、钞三千锭，探马赤二千人羊七万口，犒赏军队。丙午，设置燕南、河东、山东三道宣慰司，罢除大有署，调整行政机构。丁未，太阴犯井。乙卯，规定内地诸道宣慰司设官四员，江南设六员。让阿里海牙庇护的无主逃民千人屯田，合理安置人口。派遣中书省断事官秃不申再次核查湖广行省钱谷，整顿财务。重新设置泉州市舶提举司，加强海外贸易管理。大都发生饥荒，朝廷发官米低价卖给贫民，稳定民生。丙辰，派遣蒲昌赤贫民开垦甘肃闲田，官府提供牛、种、农具，促进荒地开发。赐安南国王陈益稷羊马钞百锭，增进两国关系。丁巳，太阴犯氐。戊午，翰林承旨撒里蛮建议将国史院纂修的太祖累朝实录用畏吾字翻译，奏读后再纂定，朝廷批准，促进文化传承。诸路分置六道劝农司，加强农业劝课。庚申，在济宁等路设置尚珍署，官秩从五品。这一年，任命亦摄思怜真为帝师。赏赐皇子奥鲁赤、脱欢、诸王术伯、也不干等大量羊马钞、马、羊、币帛等物资，还赏赐皇子脱欢所部怜牙思不花等及欠州诸局工匠钞，安抚皇室和军队。命西僧在万寿山、玉塔殿、万安寺依次举行佛事三十次，推动宗教活动。大司农司上报诸路学校共二万一百六十六所，储义粮九万五百三十五石，植桑枣杂果诸树二千三百九万四千六百七十二株，展示农业和教育成果。判决死刑一百一十四人。
元世祖至元二十四年（公元1287年），这一年元朝在政治、军事、经济、民生等多个领域发生诸多重要事件，深刻影响着国家的发展进程。
春正月乙丑，恢复云南石梁县建制，完善地方行政区划。戊辰，调派修筑柳林河堤的三千南军，疏浚河西务漕渠，保障漕运畅通，加强水利交通建设。皇子奥鲁赤部曲遭遇饥荒，朝廷命大同路提供六十日粮，体现对皇室部曲的关怀。免除唐兀卫河西地原有的徭赋，减轻百姓负担。壬申，皇帝御正殿接受诸王百官朝贺，彰显朝廷威严与统治秩序。癸酉，俱蓝国遣使不六温乃等来朝，拓展外交关系，促进文化交流与贸易往来。甲戌，太阴犯东井，古代星象变化常被视为特殊预兆。乙酉，太阴犯房。丙戌，任命参政程鹏飞为中书右丞，阿里为中书左丞，调整行政官员任职，加强政务管理。丁亥，任命不颜里海牙为参知政事，充实行政领导班子。征发一千新附军跟随阿八赤征讨安南，积极筹备军事行动。放宽女直、水达达地的弓矢禁令，或许与当地形势变化或军事需求相关。再次将江浙省改回江淮行省，调整地方行政设置。戊子，朝廷拿出钞万锭赈济斡端贫民，赐予西边岁饥民困地区绢万匹，缓解民生困境。庚寅，遣使代祀岳渎、后土、东海，遵循传统祭祀礼仪，祈求国泰民安。辛卯，将淮东、淮西、山南三道按察司隶属于行御史台，完善监察体系布局。设立上林署，官秩从七品，负责相关事务管理。诏发江淮、江西、湖广三省蒙古、汉券军及云南兵，以及海外四州黎兵，命海道运粮万户张文虎等运粮十七万石，分道征讨交趾，筹备大规模军事行动。设置征交趾行尚书省，由奥鲁赤任平章政事，乌马儿、樊楫任参知政事，受镇南王节制，明确军事指挥与行政领导体系。
二月壬辰初一，遣使持香币前往龙虎、阁皂、三茅设醮，并召天师张宗演赴阙，体现朝廷对宗教事务的重视。癸巳，雍古部民遭遇饥荒，朝廷先发米四千石赈济，不足又给六千石米价，全力救助受灾百姓。甲午，皇帝到近郊打猎。乙未，任命麦术丁为平章政事，提升其行政地位。真定路发生饥荒，朝廷发沿河仓粟减价卖给百姓，缓解粮食短缺问题。将真定所牧官马四万余匹分牧到其他郡，合理调配资源。禁止在畏吾地禽兽孕育繁殖时畋猎，保护生态环境。庚子，太阴犯天关。辛丑，太阴犯东井。甲辰，将江淮行大司农司事的官秩升为二品，设置六个劝农营田司，秩四品，各设使副二员，隶属于行大司农司，加强对农业生产的管理与推动。任命范文虎为中书右丞，商议枢密院事，调整军事与行政事务参与人员。壬子，封驸马昌吉为宁濮郡王，提升其地位。设立都总管府，总管皇子北安王的民匠及斡端大小财赋，规范财赋管理。中书省臣上奏自正旦至二月中旬花费钞五十万锭，请求今后侍臣奏请赐赉时，由他们预先商议，皇帝表示认同，并谕令玉速铁木儿、月赤彻儿知晓，加强财政支出管控。丙辰，马八儿国进贡方物，增进两国友好交流。戊午，敕令诸王阇里铁木儿节制诸军，明确军事指挥权。让赵与芮之子孟桂袭平原郡公，稳定家族世袭地位。乃颜遣使征东道兵，阇里铁木儿遵照敕令未擅自发兵，维护军事秩序。
闰月癸亥，太阴犯辰星。鉴于女直、水达达部连年饥荒，朝廷移粟赈济，还尽免今年公赋并减所输皮布之半，全力救助受灾地区。将宋畲军将校授予管民官，分散到各郡邑任职，妥善安置地方武装人员。敕令在春秋二仲月上丙日祭祀尧帝祠，遵循传统祭祀礼仪。西京等处管课官马合谋自称每年用西京、平阳、太原课程额外羡钱购买马驼千匹上缴官府，实则盗官钱购买，经按问证据确凿，被诛杀，整顿官场腐败现象。乙丑，皇帝到近郊打猎。召集麦术丁、铁木儿、杨居宽等与集贤大学士阿鲁浑撒里及叶李、程文海、赵孟頫讨论钞法。麦术丁建议恢复尚书省与中书省分设，认为自制国用使司改尚书省后颇有成效，诏命听从，各设官六员。尚书省方面，桑哥、铁木儿为平章政事，阿鲁浑撒里为右丞，叶李为左丞，马绍为参知政事，还有一员议选回回人充任；中书省设丞相二员、平章政事二员、参知政事二员。撤销陇右河西道提刑按察司，将分置巩昌的并入甘州，设官五员；巩昌改隶京兆提刑按察司，设官六员；撤销太原提刑按察司，将分置西京的并入太原。辛未，朝廷以复置尚书省诏告天下，规定除行省事务与中书商议执行外，其余听尚书省从便奏闻，调整行政机构权力分配。设立国子监，设置国学监官，包括祭酒一员，司业二员，监丞一员，学官博士二员，助教四员，生员一百二十人，蒙古、汉人各半，官府提供纸札、饮食，隶属于集贤院，推动教育发展。设立江南各道儒学提举司，加强对江南地区儒学教育的管理。甲申，太阴犯牵牛。皇帝还宫。乙酉，将淄莱路改为般阳路，设置录事司，调整行政区划。大都发生饥荒，免今岁银俸钞，诸路半征，减轻百姓负担。罢除江南竹木柴薪及岸例鱼牙诸课，停止不必要的事务，缓解经济压力。敕令行省宣慰司不得滥举官吏，受除官拖延不赴任者，追回所受宣敕，整顿官场风气。镇南王脱欢徙镇南京，调整军事部署。将福建市舶都漕运司改为都转运盐使司，明确机构职能。范文虎改任尚书右丞，商议枢密院事。改行中书省为行尚书省，六部为尚书六部，任命吏部尚书忻都为尚书省参知政事，推进行政机构改革。庚寅，皇帝前往上都。札鲁忽赤合剌合孙等上奏去岁审囚官所录囚数，南京、济南两路应死者已一百九十人，若总校诸路，数量必多，建议留札鲁忽赤数人分道行刑，皇帝认为囚犯非群羊，不可仓促诛杀，宜全部发配隶淘金，体现对死刑判决的谨慎态度。
三月甲午，朝廷更造至元宝钞颁行天下，中统钞依旧通行。规定至元宝钞一贯文当中统交钞五贯文，子母相权，旨在新钞不冗滥，旧钞不废弃，凡岁赐、周济贫困、饷军等皆以中统钞为准，稳定货币体系。禁止无籍自效军扰民，仍将其籍充军，整顿军事秩序。丙申，太阴犯东井。乙卯，皇帝前往凉陉。辽东发生饥荒，朝廷放宽太子河捕鱼禁令，以解决民生食物问题。丙辰，马八儿国遣使进献奇兽，名为阿塔必即，丰富宫廷见闻。将重庆路定远州降为县，调整行政区划。命都水监开通汶、泗水以达京师，改善水利交通。汴梁河水泛溢，征役夫七千修完故堤，治理水患。
夏四月癸酉，太阴犯氐。甲戌，太阴犯房。甲申，忻都奏发新钞十一万六百锭、银千五百九十三锭、金百两，交付江南各省与民互市，促进经济交流。当月，诸王乃颜谋反，局势动荡。
五月己亥，派遣也先传旨谕令北京等处宣慰司，禁止隶属于乃颜所部者往来，不许乘马持弓矢，防止叛乱势力蔓延。庚子，派不鲁合罕统领探马赤军三千人出征，应对叛乱。将济南宣慰司治所迁至益都，燕南按察司治所迁至大名，南京按察司治所迁至南阳，太原按察司治所迁至西京，重新设立丰州亦剌真站，调整地方行政与监察机构布局。壬寅，因御史台吏王良弼等诽讪尚书省政事，诛杀王良弼，抄没其家，其余人等断罪，维护尚书省权威。采纳桑哥建议，设置上海、福州两万户府，控制沙不丁、乌马儿等海运船，加强海运管理。户、工两部各增尚书二员，充实机构人员。授予高丽王睶行尚书省平章政事，加强与高丽关系。罢除诸路站脱脱禾孙，搜括江南诸路匠户。沙不丁建议江南各省南官多，每省宜用一二人，皇帝同意除陈岩、吕师夔、管如德、范文虎四人外，其余依其议，调整江南官员任用。皇帝亲自率军征乃颜，从上都出发。搜括江南僧道马匹。诏命范文虎率卫军五百镇守平滦，任命钦察为亲军都指挥使，也速带儿、右卫佥事王通为副，加强军事防御。甲辰，免北京今岁丝银，因军旅经行，给钞三千锭赈济，减轻百姓负担并救助受灾地区。壬子，高丽王睶请求增兵征乃颜，朝廷派五百人前往，加强军事力量。
六月庚申初一，百官因职守不能从征乃颜，愿献马给卫士，支持军事行动。壬戌，皇帝到达撒儿都鲁之地。乃颜党塔不带率所部六万逼近行在列阵，被前军击败，取得军事胜利。乙丑，敕令辽阳省督运军储，保障军事后勤。壬申，征发诸卫军万人、蒙古军千人戍守豪、懿州，巩固边防。诸王失都儿所部铁哥率党羽夺取咸平府，渡辽欲劫取豪、懿州，守臣因缺军求援，朝廷敕令北京戍军千人前往，应对叛乱威胁。搜括平滦路马匹。北京发生饥荒，免丝银、租税，减轻百姓负担。乙亥，霸州益津县因霖雨伤稼，影响农业生产。在陕西泾、邠、乾及安西属县闲田设立屯田总管府，设置官属，官秩三品，促进农业开发。皇帝驻于干大利斡鲁脱之地，缴获乃颜辎重千余，且禁秋毫无犯，维护军纪。
秋七月癸巳，乃颜党失都儿进犯咸平，宣慰塔出与皇子爱牙赤合兵出沈州进讨，宣慰亦儿撒合分兵奔赴懿州，平定其党羽，稳定局势。丁酉，弘州匠官进献用犬兔毛制如西锦之物，被授知弘州，鼓励工艺创新。戊戌，太阴犯南斗。枢密院奏签征缅行省事合撒儿海牙汇报，至缅国谕其王赴阙，缅王称邻番数叛，不易出行，拟遣阿难答剌奉表赍土贡入朝觐见，体现外交沟通成果。辛丑，太阴犯牵牛。壬寅，荧惑犯舆鬼。庚戌，云南行省爱鲁奏金齿酋打奔等兄弟求内附，且乞入朝觐见，拓展领土管理范围。壬子，太阴犯司怪。癸丑，日晕连环，白虹贯之，特殊天象出现。罢除乃颜所署益都、平滦，也不干河间分地达鲁花赤，及胜纳合儿济南分地所署官，整顿地方行政。将北京道按察司迁至豪州，免东京等处军民徭赋，调整监察机构与减轻百姓负担。升福建盐运使司为都转运使司，依两淮等例，规范盐务管理。将中兴府隶属于甘州行省，让河西爱牙赤所部屯田军与沙州居民修城河西瓜、沙等处，设立阇鄽屯田，加强地方建设。
八月癸亥，太白犯亢。浚州进献瑞麦，一茎九穗，被视为祥瑞。乙丑，皇帝回到上都。任命李海剌孙为征缅行省参政，率新附军五千、探马赤军一千出征，调四川、湖广行省军五千赴之。召能通白夷、金齿道路的张成及前占城军总管刘全为招讨使，佩虎符，随军出征。任命脱满答儿为都元帅，率四川省兵五千赴缅省，令其省驻缅近地，等待行动指示，加强征缅军事部署。设置江南四省交钞提举司，管理货币事务。己巳，将从叛诸王谪赴江南诸省从军效力，惩处叛乱者。谕令镇南王脱欢，禁止从征诸王及省官奥鲁赤等纵军士焚掠，不可轻视交趾小国，规范军事行动纪律。癸酉，朵儿朵海捕获叛王阿赤思，后赦免，体现宽严相济。亦集乃路屯田总管忽都鲁请求疏浚管内河渠，朝廷批准，改善水利条件。丙子，填星南犯垒壁阵。己卯，太阴犯天关。辛巳，太阴犯东井。甲申，太白犯房。丁亥，沈州发生饥荒，又遭乃颜叛兵蹂践，免其今岁丝银、租赋，减轻百姓负担。派北京伐木三千户在平滦屯田，促进农业发展。设立丰赡、昌国、济民三署，官秩五品，各设达鲁花赤、令、丞、直长一员，完善机构设置。女人国进贡海人，丰富对外交流见闻。设置河西务马站，加强交通联系。
九月辛卯，东京义静、麟、威远、婆娑等处因大霖雨江水溢，淹没民田；大定、金源、高州、武平、兴中等处霜雹伤稼，多地受灾，影响民生。丁酉，荧惑犯长垣。己亥，湖广省臣奏海南琼州路安抚使陈仲达、南宁军总管谢有奎、延栏总管苻庇成，以私船百二十艘、黎兵千七百余人助征交趾，朝廷诏以仲达仍为安抚使，佩虎符，有奎、庇成仍为沿海管军总管，佩金符，奖励有功人员。庚子，太白犯天江。给诸王八八所部穷乏者钞万一千锭，赈济贫困。禁止买卖毒药，维护社会安全。因西京、平滦路饥荒，禁酒节约粮食。乙巳，太阴犯毕。给阿沙所统唐兀军米二万石、羊万口，保障军队物资。丁未，安南国遣其中大夫阮文彦、通侍大夫黎仲谦进贡方物，保持友好往来。戊申，咸平、懿州、北京因乃颜叛乱，百姓废耕作，又遭霜雹为灾，朝廷诏以海运粮五万石赈济，救助受灾百姓。辛亥，荧惑犯太微西垣上将。壬子，太白犯南斗。禁止阻挠江南茶课，保障经济税收。高丽王王睶来朝，加强两国交流。
冬十月戊午初一，发生日食。壬戌，太阴犯牵牛大星。甲子，在太庙祭祀。桑哥请求赐叶李、马绍、不忽木、高翥等钞，皇帝诏赐李钞百五十锭，不忽木、绍、翥各百锭，奖赏官员。桑哥还建议中书省仍迁回大内前，皇帝听从，调整行政机构驻地。癸酉，江西行院月的迷失奏广东穷边险远，是江西、福建诸寇出没之地，请求从江南诸省分军一万增援，朝廷诏江西忽都帖木儿以军五千交付，加强地方军事力量。丙子，诛杀郭佑、杨居宽，或与政治斗争或政务失误有关。戊寅，桑哥建议北安王相府无印，安西王相独有印不合事例，应收回；诸王胜纳合儿印文“皇侄贵宗之宝”非臣下宜用，改为“济南王印”，皇帝皆听从，规范印信使用。听从总帅汪惟和建议，分其所部戍四川军五千人屯田六盘，促进军事与农业结合。乙酉，荧惑犯左执法。设立陕西宝钞提举司，管理货币事务。罗北甸土官火者、阿禾及维摩合剌孙之子内附，拓展领土管理。丙戌，范文虎建议在豪、懿、东京等处立省以抚绥，朝廷诏立辽阳等处行尚书省，任命薛阇干、阇里帖木儿为行尚书省平章政事，洪茶丘为右丞，亦儿撒合为左丞，杨仁风、阿老瓦丁为参知政事，加强地方行政统治。
元世祖至元二十四年（公元1287年）十一月壬辰日，出现了太白犯垒壁阵的星象，同时月亮周围出现光晕，环绕着金、土二星，这在当时的星象观念中可能被赋予特殊意义。同一时间，云南省右丞爱鲁率军抵达交趾的木兀门，交趾守将昭文王率四万人进行防守。爱鲁指挥军队成功击破敌军，并俘获了对方将领黎石、何英，取得了军事上的一次胜利。朝廷还放宽了太原、保德地区对河鱼捕捞的禁令，一定程度上促进了当地渔业经济和民生。
在政治人事方面，朝廷任命桑哥为金紫光禄大夫、尚书右丞相，同时让他兼任统制院使，领功德使司事，赋予其重要权力和职责。听从桑哥的请求，让平章帖木儿代替他原来的职位，右丞阿剌浑撒里升任平章政事，叶李升为右丞，参知政事马绍升为左丞，进行了一系列官员职位的调整。并且将集贤院的官秩提升为正二品，提高了该机构的地位。
丙申日，荧惑犯太微东垣上相，又一次出现特殊星象。丁酉日，桑哥向皇帝进言，他提到之前皇子忙哥剌先被封为安西王，统辖河西、土番、四川等地，并设置了王相府，后来又被封为秦王，持有两枚金印。如今嗣王安难答仍然承袭安西王印，他的弟弟按摊不花却另外使用秦王印，其下属还以王傅印行事，这样一个藩地出现二王的情况，恐怕不符合制度。皇帝下诏，让阿难答继承安西王爵位，仍然设置王傅，同时收回秦王印，并罢除按摊不花所署的王傅职位，对藩王印信和相关制度进行了规范。
戊戌日，朝廷安排别十八里的汉军及新附军五百人在合迷玉速曲之地进行屯田，促进当地的农业开发和军事驻防。己亥日，镇南王率军驻扎在思明，程鹏飞与奥鲁赤等人跟随镇南王分道前进，阿八赤率领一万人作为前锋，继续推进军事行动。
庚子日，太白星在白天出现，这在当时较为罕见。大都路遭遇水灾，朝廷赐予今年田租十二万九千一百八十石，以缓解当地百姓因灾带来的困难。辛丑日，乌马儿、樊楫及程鹏飞等人迅速向交趾进军，一路上所到之处都取得了胜利，展现了较强的军事力量。朝廷将卫尉院改为太仆寺，官秩为三品，仍然隶属于宣徽院，任命月赤彻儿、秃秃合统领，对机构进行了调整和管理。
丙午日，镇南王率军到达界河，交趾方面发兵进行拒守，但镇南王的前锋部队将其全部击破，军事行动进展顺利。己酉日，皇帝下诏商议如何消除盗贼问题。桑哥、玉速帖木儿建议，江南地区归附已经十年，然而盗贼至今仍未肃清，应该降旨设定期限进行招捕，并且将安抚百姓的责任明确给州县官吏，如果不能完成任务就将其罢黜。叶李则表示，自己在漳州十年，详细了解情况，大致上那些贪图利益并与盗贼勾结的军官，是最难消除盗贼祸患的。应该让各处镇守军官，按照惯例每三年进行转徙，这样或许可以革除这种弊端。皇帝采纳了他们两人的建议，并下诏施行。还封驸马帖木儿为济宁郡王，对其进行了封赏。
壬子日，朝廷任命江西行省平章忽都帖木儿负责督捕广东等处的盗贼，加强对盗贼的打击力度。甲寅日，命令京畿、济宁两漕运司分别掌管漕运事务，合理分配管理职责。镇南王率军驻扎在万劫，各路军队全部会合。成功抓获了福建的首贼张治囝，其党羽也都被平定，一定程度上维护了地方治安。皇帝还谕令江南四省进行招捕盗贼的行动，进一步加强对江南地区治安的管理。丙辰日，荧惑犯进贤，再次出现特殊星象，为这一时期增添了神秘色彩。
元世祖至元二十四年（公元1287年）十二月癸亥日，朝廷设立了尚乘寺，完善了相关机构设置。顺元宣慰使秃鲁古向朝廷报告，金竹寨主搔驴等人率领着自己所辖的一百二十五寨前来归附，这为元朝的统治范围带来了一定的扩充。
甲子日，皇子北安王设置了王傅这一官职，并且规定，凡是涉及到军需以及北安王本位的诸多事务，都由王傅来负责统领，加强了对皇子相关事务的管理。
丙寅日，出现了太阴犯毕的星象，同时太白星在白天显现，这在当时可能被视为特殊的天象预示。
丁卯日，朝廷对扬州省的粮食额度进行了调整，减少了岁额米十五万石，并且用五十万盐引换取粮食，以平衡物资调配。还免除了浙西地区的鱼课三千锭，允许百姓自行捕鱼，这在一定程度上减轻了当地百姓的负担，也有利于渔业的发展。朝廷还派遣了河西、甘肃等处的一千富民前往阇鄽地，让他们与汉军、新附军杂居并进行耕植，促进了当地的农业开发和民族融合。应安西王阿难答的请求，朝廷设立了本位诸匠都总管府，加强了对相关工匠事务的管理。此外，还将万亿库官的官秩提升为四品，提高了该官职的地位。
癸酉日，镇南王率军驻扎在茅罗港，并对浮山寨发起进攻，成功将其攻破，取得了军事上的胜利。然而，诸王薛彻都等人所驻扎的地方，连续七天七夜下土雨，导致羊畜死亡无数。朝廷为了抚恤他们，给予了钞以及币帛绵布等物资，这些物资折算成钞共计一万零四百六十七锭，尽力帮助他们弥补损失。
丁丑日，因为朱清、张瑄在海漕方面立下功劳，朝廷遥授他们宣慰使的官职，对他们的功绩予以肯定和嘉奖。
乙酉日，镇南王率领各路军队渡过富良江，驻扎到交趾城下，打败了交趾的守兵。交趾的君主日烜和他的儿子见势不妙，放弃城池逃到了敢喃堡，这一军事行动取得了阶段性的成果。
在这一年里，朝廷还命西僧监臧宛卜卜思哥等人在大殿、寝殿、万寿山、五台山等寺庙进行佛事坐静活动，总共举办了三十三次，体现了朝廷对宗教活动的支持。朝廷还判决了天下死刑犯一百二十一人，维护了法律的威严。
在民生方面，浙西各路遭遇水灾，朝廷免除了今年田租的十分之二，减轻百姓的负担。西京、北京、隆兴、平滦、南阳、怀孟等路遭受风雹灾害，损害了庄稼；保定、太原、河间、般阳、顺德、南京、真定、河南等路则因霖雨成灾，其中太原受灾情况尤为严重，房屋毁坏，许多人被压死；平阳地区春旱严重，二麦枯死，秋种也无法入土；巩昌地区出现雨雹和虸蚄灾害，给当地农业生产带来极大破坏。面对这些灾害，朝廷也采取了一些抚恤措施，如分赐皇子、诸王、驸马、怯薛带等羊马钞，总计二十五万三千五百余锭；又赐给诸王、怯薛带等军人马一万二千二百匹、羊二万二千六百只、骆驼一百余头；还赈济了像合剌忽答等贫困的人，给予钞四万八千二百五十锭，尽力帮助受灾百姓和贫困群体度过难关。